Mit dem Zettelkasten können Literaturanmerkungen, Textstellen und Zitate gesammelt, archiviert und verwaltet werden. Jeder Eintrag wird mit Quellenangabe und Stichworten versehen und kann per Suchfunktion wieder aufgerufen werden.
Zettelkasten führt mehrere Suchanfragen parallel durch, ohne dass die alten Suchergebnisse verloren gehen. Ferner lassen sich Suchergebnisse abspeichern, um später damit weiter zu arbeiten. Das erleichtert sowohl das Verknüpfen von thematisch ähnlichen Einträgen als auch das Wiederfinden und gezielte Suchen von eingetragenen Zetteln.
Zettelkasten erlaubt außerdem das komfortable und übersichtliche Arbeiten auch über mehrere Sitzungen hinweg. Mit Hilfe verschiedener Filterfunktionen lassen sich die Suchergebnisse weiter eingrenzen, so dass man selbst bei sehr komplexen Datenmengen effektiv arbeiten kann. Mit Lesezeichen versehene Zettel lassen sich bequem drucken, ex- und importieren. Dabei können sowohl einzelne, mehrere oder alle Einträge gedruckt oder exportiert werden. Zettelkasten bietet die Suche nach bestimmten Stichworten, nach Textstellen, Autoren und nach Zusammenhängen oder Verbindungen bestimmter Themen und Stichworte.
Interessante Einträge können mit Lesezeichen markiert werden. Zu den Einträgen können Verknüpfungen auf Hyperlinks, Office- oder Grafik-Dateien hinzugefügt werden. Eine manuell editierbare Autokorrektur-Funktion ist ebenfalls vorhanden, so dass häufiges Korrigieren von Schreibfehlern der Vergangenheit angehört.
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